Aunque no existen inventarios biológicos detallados y completos para todo el país, sí se conoce que a nivel de especies, Colombia es considerada como la cuarta nación en biodiversidad mundial siendo por grupo taxonómico, el segundo en biodiversidad a nivel de plantas, primera en anfibios y aves, tercera en reptiles y quinto en mamíferos.
Un total de 3.357 especies de peces, anfibios, reptiles, aves y mamíferos y cerca de 41.000 especies de plantas han sido registradas para Colombia.
Esta biodiversidad varía de acuerdo con las regiones naturales del país, siendo la andina la que presenta mayor diversidad en grupos como anfibios, reptiles, aves, mamíferos y plantas, con un total de 13.505 spp., (29,4%), seguida de la Amazonia, 7.215 spp. (15,7%), Pacífica, 5.927 spp. (12,9%), Caribe, 4.440 spp. (9,7%) y Orinoquia 4.216 spp. (9.2%).
Para peces la región Amazónica presenta la mayor diversidad con un 49,7% de especies seguida de la Orinoquia con 45,6%, Andina (45,6%), Pacífica (12,1%) y caribe (8,03%). En aves la región andina tiene una diversidad de 52.2% seguida de la región Caribe (50.9%), Amazónica (46,5%), Pacífica (44,5%) y Orinoquia (34,5%).